Первое упоминание о подобии маяка или каком-либо маячном огне датируется 350 годом до н. э. Дата эта конечно же примерная, ею датированы записи греческого мореплавателя Скилака.
Свое нынешнее название, Еникальский, маяк получил только в 1820 году. Его построили южнее крепости Еникале, отсюда и имя сооружения.
Сначала в Еникальском маяке использовались фитильные лампы, их заправляли сурепным маслом. Позже была закуплена дорогая аппаратура: оптический аппарат с керосиновым освещением. В Российском империи такие не делались, пришлось привезти из-за границы. В конце IX века на маяке стали использовать другой аппарат: керосиново-капильный.
Во время Великой отечественной войны маяк был разрушен. При наступлении немецких танков над маяком подняли флаг, вызывающий на себя огонь союзных войск.
Современная башня Еникальского маяка отстроена только в 1953 году, до этого использовалось временное освещение.
В 2002 году маяк ждала новая модернизация — на него дополнительно установили станцию ГЛОНАСС-GPS